ProPro

专注于靶向DIA蛋白

ProPro
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ProPro
ProPro是新一代用于蛋白组学DIA/SWATH-MS数据的高通量软件分析平台。相较于其它可以处理SWATH-MS数据的软件，ProPro是一个成本较低、分析迅速、蛋白质鉴定能力稳定而准确、操作简单、可视化界面丰富、输出格式易获取易定制、部署简单甚至是无需部署、步骤透明、中间数据易获取、扩展性高、输出格式可定制化（可使用R,Python,JavaScript等不同种类的计算机编程语言进行改良创新）、开箱即用的软件平台软件平台。
ProPro包含了从数据格式转换、数据上传、数据批量导入、项目管理、批量iRT、批量卷积、批量选峰、批量特征打分、批量合并打分、批量蛋白推测等多个步骤，涵盖了DIA/SWATH-MS信息分析的几乎所有步骤；可以让实验者一站式的完成一次分析的所有内容；同时每一个步骤对于实验人员来说都是可视化的；每一个步骤均可被搜索。
其算法流程结合了目前蛋白组学领域代表性算法及自研算法，并经过了长期基于真实数据的优化和迭代，在定量结果准确性、稳定性、重复性等方面处于业内领先水平。此外，ProPro基于工业级互联网应用架构研发，以私有云或本地的方式进行部署，允许多个用户同时在线分析及审核数据。

主要特性

  • 架构优势

    云平台架构、部署简单、硬件需求低、MongoDB 数据库支持

  • 专业性

    分析速度 6 倍提升、蛋白鉴定数目提高 10%、准确度提高 10%

  • 易用性

    不需要安装软件，浏览器访问、易于操作的可视化界面、全流程可视化图表、库文件与实验文件的管理

蛋白诊所

Peptide "Clinic"

由于ProPro提供了对于每一个步骤的可视化操作，因此使用ProPro的信息学分析学者在跑完结果后往往会对某些肽段感到好奇，想要看看这些肽段的其他碎片的分布情况。肽段"诊所"就是这样实用的工具，基于Aird高速的IO能力，肽段"诊所"工具可以实时的枚举出一个肽段的C端或者N端的所有碎片的可能性，然后对这些可能出现的碎片实时生成标准库并进行卷积，我们称这个步骤为离子枚举填，当肽段进行了离子枚举填充后再进行分析，往往可以得到更多有用的信息。

蛋白诊所

EIC列表

蛋白诊所

RT结果

蛋白诊所

肽段分布

蛋白诊所

iRT结果

蛋白诊所

LFQBench

蛋白诊所

打分结果

核心模型

Project-Experiment Model

主要用于将同一批实验进行聚合管理，每一个项目中可以包含多个实验，方便进行批量操作。通常同一批实验会使用相同的标准库和系统调参，因此适合进行整个项目的批量操作处理，同时也大大加强了系统对于实验数目过于庞大时的项目管理能力

Experiment-Aird-Index Model

ProPro系统的核心模型，ProProClient将Vendor Raw File转化的过程将源文件拆成了三块：1.原始信息，包括操作人、质谱仪机型、数值精度、压缩策略、SWATH窗口信息等；2.索引信息，包含了对于每一个Spectrum的索引以及每一个SWATH Block的索引；3.高压缩的Aird数值文件，在这个模型中ProPro允许用户对索引和实验信息进行搜索操作，对原始谱图可以在搜索的基础上进行可视化展现。本模型的所有关联关系在经由ProProClient转换后形成并且存储与Aird.JSON的文件中。因此在ProProServer中可以通过导入JSON格式的索引文件迅速导入整个实验的基础信息及关联关系，每一个实验对应一个Aird文件，对应N个索引文件。索引文件包括两类：一类是每一个Spectrum的索引，一类是每一个SWATH Block的索引

Library-MS/MS Model

主要用于描述标准库或者是iRT库内的所有数据，是基于库搜索的DIA/SWATH-MS算法中最为重要的数据源之一。由于ProPro的Library-MS/MS模型是基于数据库存储的，因此天然的具备可搜索能力，使得TraML或者是CSV格式的标准库文件的可视化和可搜索化变得极为简单，每一个标准库对应多个MS1的信息，每一个MS1包含多个MS2的信息

Analysis-MS-Result Model

是ProPro中的输出结果模型，对于一个Experiment，一个给定的Library和一组合适的运行参数(包括卷积的mz窗口，卷积的RT时间窗口)，通常我们会产生一个唯一的分析结果，这些结果以MS1为单位，和对应的标准库的MS1一一对应，分别展示每一个MS1的的Chromatogram的情况，选峰情况以及最终的打分值。一套算法是否合理，最终根据FDR选出的结果是否精准，ProPro均提供了可视化的界面让整个流程可以回溯